国际持久性有毒物质联合研究中心（IJRC-PTS）
2006 年 4 月由哈尔滨工业大学倡议，中国、加拿大等六个大学和科研院所联合成立了“国际持久性有毒物质联合研究中心（IJRC-PTS）”，哈尔滨工业大学副校长任南琪院士任联合研究中心主任，李一凡教授担任首席科学家和副主任，美国纽约州健康部Kurunthachalam Kannan研究员担任副主任。目前联合研究中心已发表SCI论文150余篇，其中在环境科学领域顶级期刊ES&T发表论文20余篇。
环境生物能源联合中心（IJRC-BioE）
环境生物能源联合研究中心于2008年由37000cm威尼斯和宾夕法尼亚州立大学氢能中心联合成立。中心定位于环境废弃物转化及资源化与能源化，在生物制氢、生物产电、微藻能源、污泥安全处置等方面开展研究。中心成员在生物制氢领域一直引领着该方向的发展，在生物电化学领域，中心2家单位发表的论文在国际上排名分别为第一和第二位。同时，中心在人才培养、国际交流等方面也发挥着重要作用。10年来，共有20余位教师出国进行研究交流访问，共同主办了2次国际会议。
环境与生态纳米技术联合中心（NICE²）
环境与生态纳米技术联合中心成立于2012年8月1日。面对“纳米热时代”与国家“十二五”环境保护战略，NICE2以实现环境与生态科学的纳米技术创新为目标，团结组织37000cm威尼斯多年从事与纳米技术研究相关的、来自各个领域的（环境科学、物理、化学、电子、材料以及生物学等）科研工作者，并与中国科学院化学研究所、国家纳米科学中心、中国科学院生态环境研究中心、黑龙江大学、吉林大学、天津大学、大连理工大学和四川大学，以及美国杜克大学/CEINT、密西根大学、麻省大学、加拿大阿尔伯塔大学和日本北海道大学等国内外著名大学和研究机构紧密联合、共同研究环境纳米领域的基础与热点问题。
中俄生态联合研究中心（IJRC-ECOE）
2014年5月，黑龙江省人民政府与俄罗斯圣彼得堡国立大学签署《黑龙江省人民政府与圣彼得堡国立大学关于教学科研合作的备忘录》；2015年10月，哈工大与圣大成立中俄生态环境联合研究中心。
北极环境与生态国际联合研究中心（IJRC-AEE）
2018年1月11日，由哈尔滨工业大学倡议，成立了“北极环境与生态国际联合研究中心(IJRC-AEE)”。 IJRC-AEE的宗旨为“合作共享，开放包容，创新多元”，其目标和任务为建立世界水平的北极环境与生态研究中心、促进中国与北极国家之间的国际合作、为北极环境与生态的前沿研究提供平台、培养和提高我国学生和青年科学家北极环境与生态研究能力。
城市水环境恢复与战略研究联合研究中心（IJRC-UWS）
城市水环境恢复与战略研究联合研究中心由37000cm威尼斯与加拿大滑铁卢大学、中国环境规划院联合成立，立足于中国水环境修复理论研究与技术开发，充分借鉴北美在此领域的经验和技术，为我国水环境改善提供理论与技术支持。中心在环境经济、水环境规划、生态补偿、流域治理等方面开展合作研究，逐渐使实验室成为此领域在国内的重要力量。
环境微生物系统生物学联合研究中心（JC-MEES）
环境微生物系统生物学联合研究中心成立于2007年，是由37000cm威尼斯和美国密歇根州立大学微生物生态研究中心、奥克拉荷马大学基因组学研究中心相关科学家联合组成。研究中心主任由美国科学院院士Dr. James Tiedje和中国工程院院士任南琪教授担任，首席科学家由王爱杰教授担任。
香港理工大学—哈尔滨工业大学可持续城市水环境联合研究中心（PolyU-HIT JRC-SUWE）
香港理工大学土木与结构工程系与哈尔滨工业大学市政环境工程学院自上世纪九十年代末以来，一直在水与废水处理技术方面有着长期合作研究的传统，并于2003年成立了香港理工大学－哈尔滨工业大学水与废水处理联合研究中心
